Seu nome se origina da "Chácara do Bom Retiro", uma das destinadas ao recreio das famílias ricas nos idos do século XIX, dentre elas a do marquês de Três Rios, Joaquim Egídio de Sousa Aranha, abastado fazendeiro campineiro, que por três vezes foi presidente da Província de São Paulo, onde ficava o Solar do Marquês, mais tarde sede da Escola Politécnica da USP, onde se hospedou a família imperial. No bairro resta o nome da Rua Três Rios. O Bom Retiro abrigou também o primeiro prédio no Brasil destinado à instalação de uma linha de montagem de automóveis, com a inauguração da fábrica da Ford do Brasil na Rua Solon em 1921.